对于已经出现的功能性卵巢囊肿，服用避孕药后卵巢会“消退”，囊肿也会更快消退。

当然，这些囊肿无需特殊治疗，只有经过3个多月仍不消退(最好3个月后超声检查)，或者引起腹痛、月经改变的人才建议口服避孕药3个月。 对于性质不能确定的囊肿，这也是鉴别方法。

卵巢巧克力囊肿一般需要手术治疗，但由于仍有激素原因，术后易复发。 通常需要口服避孕药中的高效孕酮，以抑制异位内膜生长，促进异位内膜萎缩，从而预防或延缓囊肿复发，同时减轻疼痛。 前面提到的李倩就是这个例子，因为囊肿还很小，她自己抵制手术，医生建议先吃药看看。

在多囊卵巢，口服避孕药本身是最主要的治疗方法。

避孕药可以避免的是激素相关囊肿。 对于畸胎瘤、粘液性囊腺瘤、浆液性囊腺瘤和单纯性卵巢囊肿，这些肿瘤的发生与性激素关系不大。 口服避孕药对这些肿瘤自然没有任何保护作用。

周期性排卵导致卵巢上皮反复损伤和修复，在此过程中易发生上皮细胞遗传变异，增加卵巢癌的危险性。 国外调查显示，未产妇、未使用避孕药排卵次数多的女性比经产妇和口服避孕药的女性患卵巢癌的危险性更高。 因此，口服避孕药也是预防卵巢癌发生的有效方法。

口服避孕药对大多数卵巢囊肿有益，但不建议发现囊肿的女性自行服用。 而普通体检只能告知“卵巢囊肿”，但其真正性质需要妇科超声检查等专业检查； 另一方面，激素调节极为复杂，不能用“口服避孕药”一句话来结束，需要严格控制剂量和时限。 口服避孕药不仅没有保护作用，多次使用反而可能促使卵巢囊肿的发生。

育龄妇女口服避孕药3个月，卵巢囊肿仍然增大或持续存在，应继续就诊，排除再次出现恶性肿瘤的可能。 卵巢囊肿直径已超过5厘米，或囊肿持续3个月仍存在，应考虑手术治疗。